З точки зору фахової орієнтації іде два види навчальних програм:

1) Навчальні програми, які творять традичну частину навчальної діяльності в університеті (навчальні програми вчительства для всіх видів та рівнів шкіл на Словаччині: філологічне, соціально-наукове, гуманітарне, теологіцьке, художньо-навчальне, спортивне, природно-наукове навчальне програми не вчительского типу). Ці навчальні програми довгостроково гарантують стабільність навчального процеса університету. В рамці навчання на ціх навчальних програмах необхідно давати пріорітет області природних наук, які недостатньо розвинені або під загрозою заникнуття на університеті.

2) Навчальні програми, які виникли на закладі динамічного розвитку і змінами на ринку праці (наприклад менеджмент, програми охорони здоров’я), потребами інформації та освіти суспільства (наприклад виховання дітей з особливими потребами, книжно-інформаційне навчання, мовно-комунікаційне навчання, громадно-інформаційне навчання), потребами мультикультурної та багатонаціональної європейскої зони (наприклад католицька теологія, православна теологія, пробачна і медіачна робота, релігіонистика, іноземні мови та культури, усний та письмовий переклад, політологія), потребами соціальної сфери (наприклад благодійна і соціальна праця, андрагогіка). Ці навчальні програми збільшують традиційний перелік варіантів навчання в університеті, підвищують привабливість а випускникам надають нові можливості для успіху на ринку праці. Розширення переліку навчальних програмів для дальших можливостей навчання є пріоритетом університету.

Навчальні програми в галузі вчительства орієнтовані на комбінацію предметів соціальних і гуманітарних, природно-наукових, художньо – освітних та спортивних. Навчальні програми у не вчительских напрямках являються переважно соціально – наукове, гуманітарне і менеджерське, потім медичне, природо-наукове та спортивне. Відома є тенденція збалансувати співвідношення між здійсненням традиційних вчительских програм і не вчительских програм навчання. Найближче завдання полягає в тому, щоб зміцнити позиції навчальних програм у напрямках природних наук і математики.

ПУ є єдиним постачальником богословської освіти в навчальній програмі католицька теологія для кандидатів у священники греко – католицької церкви на Словаччині, в навчальній програмі православне богослов’є в Словацькій Республиці та Чеській Республиці (філія в Оломоуці). Частина навчання відбувається в спеціалізованих установах (священницькі семінарії ). Особливістю шестирічної навчальної програми католицька теологія є пастирський рік для кандидатів у священники (після третього ріку навчання).

Особливістю медичних навчальних програм є підготовка так званих регульованих професій ( діпломи університету приймають у 28 країнах Європейського Союзу ). Практична частина навчання проходить в спеціалізованих установах (кліничних відділеннях ). Друга частина навчання більшісті навчальних програм проходить в спеціалізованих кабінетах ( усний та письмовий переклад, викладання фізики, екології, біології, географії і т.д. ).

У рамках навчальних програм в напрямках вчительства навчальних предметів, вчительства практичних та професійних предметів, вчительства художньо–освітних та спортивних предметів проходить педагогічно-психологічна підготовка на цілому університеті згідно з єдиною соціально-науковою та педагогічно-психологічною основою організованою модульною системою. Особливістю акредитованних навчальних програм для вчительства є комбінація гуманітарних і соціально-наукових предметів з предметами природно-наукових, художньо-освітних, навчальних, технічних та міжфакультетних навчальних програм. Частиною підготовки до професії вчителя є узгоджена система педагогічної практики (яка є недосить препрацьована в деяких не вчительських навчальних програмах). Практичні навички в напрямках мистецтва (художнє, музичне, словне) або фізичної культури студенті виладюють на практичних предметах.

В університеті реалізуються і навчальні програми з особливою орієнтацією на специфіку циганської етнічної групи (дошкільна та початкова педагогіка соціально незахищенних груп, музичне навчання - гра на музичному інструменті), на національну ідентичність русиньского етносу (русиньска мова і література в комбінації предметів як вчительська навчальна програма), на виховання та навчання розумово відсталих і психосоціально порушених.