Історія вищої освіти в Кошице йде своїм корінням в далекий 1657 рік коли була заснована Academia Cassoviensis Бенедиктом Кішдим – єпископом з Егру. В 1660 році отримана нагорода Золота Була, виданакорольом Леопольдом І. В XVII столітті, це був най східніший університет в Європі. В 1777 році Alma Mater Universalis Episcopalis змінилась на королівську академію Academia regia Cassoviensis. В 1921 році, після падіння Австро-Угорської імперії, університет припинив своє існування на 38 років.
В 1959 році традиції університету відновились заснуванням Університету Павла Йозефа Шафаріка, який складався з Медичного факультету в Кошице, та Філософічного факультету в Прешові (уточнення, Медичний факультет почав працювати в 1949 році, як частина Університету Коменського в Братиславі).
Новий університет розростався і засновував наступні факультети:
1963 – Природознавчий факультет в Кошице
1964 – Педагогічний факультет в Прешові
1973 – Юридичний факультет в Кошице
1998 – Факультет державного управління
2007 – Філософічний факультет
Найвизначнішою подією за часи існування УПЙШ була її зміна після «Ніжної револьції» в 1989 році. Після подій листопаду 1989 студенти заснували академічні сенати та вибрали нових деканів і ректора УПЙШ. В 1997 році після складних переговорів в університеті та в Народній Раді, було вирішено розділити університет на Університет Павла Йозефа Шафаріка в Кошице та Прешовський університет в Прешові. В 1999 році було створене Деташоване відділення УПЙШ в м. Рожнява, неподалік від місця де народився П. Й. Шафарік. А в 2006 році був заснований відділ освіти УПЙШ з головним офісом в м. Рожнява.